Graduado pela Escola Paulista de Medicina em 1973, Abel Pereira de Souza Júnior teve participação ativa na vida acadêmica durante o curso, presidindo o Centro Acadêmico Pereira Barreto no biênio 1971-1972 e representando os estudantes na Congregação Universitária. Após o ciclo de Clínica Médica, optou pela Reumatologia e foi o primeiro residente diplomado pela UNIFESP nessa especialidade.

Atuou como colaborador da Disciplina de Reumatologia da EPM/UNIFESP de 1976 a 1982. Em paralelo, construiu uma sólida carreira docente na Faculdade de Medicina do ABC (FMABC), onde ingressou como professor assistente em 1976 e tornou-se professor titular de Reumatologia em 1989 — cargo que exerce até hoje, com atuação em ambulatórios, enfermaria e graduação. Chefiou o Departamento de Clínica Médica da FMABC (1986-1989 e 2016-2018) e presidiu a Associação dos Docentes da FMABC em múltiplos mandatos.

É Titular da Cadeira nº 17 da Academia Brasileira de Reumatologia, tomando posse em setembro de 2018, e Membro Emérito desde 2020. Atuou como Tesoureiro (2019-2020) e Vice-Presidente (2021-2022) da instituição. Integrou a Comissão de Defesa Profissional da Sociedade Brasileira de Reumatologia e o Conselho de Defesa Profissional da Associação Médica Brasileira.