Graduado em Medicina pela Escola Paulista de Medicina em 1970, Rubens Belfort Mattos Junior construiu toda a sua carreira acadêmica na instituição onde se formou. Realizou mestrado em Microbiologia e Imunologia pela EPM (1978) e dois doutorados: em Oftalmologia pela Universidade Federal de Minas Gerais (1981) e em Microbiologia e Imunologia pela própria EPM (1985). Fez estágio de research fellow na University of California San Francisco e no National Eye Institute dos NIH, nos Estados Unidos.

Na EPM/UNIFESP, percorreu todos os postos da carreira docente — de colaborador voluntário a professor titular de Oftalmologia, cargo que ocupou de 1989 até sua aposentadoria como Professor Emérito. Chefiou o Departamento de Oftalmologia, coordenou a residência médica e o curso de pós-graduação e integrou a Congregação da EPM e o CONSU da UNIFESP.

É membro titular da Academia Nacional de Medicina (cadeira 64), da Academia Brasileira de Ciências, da Academia de Medicina de São Paulo e da Academia Ophthalmologica Internationalis. Foi presidente da Academia Nacional de Medicina (2019-2021), sendo o primeiro a ocupar o cargo fora do Rio de Janeiro em 190 anos. Presidiu também a Associação Panamericana de Oftalmologia e o World Ophthalmology Congress.

Pesquisador Sênior do CNPq (nível 1A), publicou mais de 1.000 artigos científicos e orientou mais de 80 mestres e doutores. É editor-chefe dos Arquivos Brasileiros de Oftalmologia. Recebeu a Ordem Nacional do Mérito Científico (Classe Grã-Cruz) e a Medalha Duke Elder do Conselho Internacional de Oftalmologia.